Evaluer le rôle de l’avifaune sauvage dans l’introduction, le maintien et la dissémination d’agents pathogènes aviaires majeures au sein des élevages avicoles du Sud-Ouest de la France
PHASE 1
Déterminer le pathobiome des espèces d’oiseaux commensaux des élevages avicoles
Après avoir sélectionné des élevages par rapport à leur proximité ou non avec des zones de concentration d’oiseaux migrateurs, un inventaire des espèces migratrices et commensales sera effectué et des recherches ciblées (PCR pour les agents pathogènes majeurs) et non ciblés (microbiome bactérien) seront mises en œuvre ces espèces. Une caractérisation moléculaire permettra d’estimer des prévalences par pathogènes et espèces et d’établir des partages de pathogènes entre compartiment sauvage et élevage.
PHASE 2
Caractériser les contacts entre avifaune commensale et élevages
La mise en œuvre de méthode moléculaire (Barcoding) pour détecter des indices de passage d’oiseaux sauvages au sein des élevages sera menée de front avec des observation ornithologiques directes et indirectes (pièges photographiques) afin de déterminer finement quelles sont les espèces qui sont au contact de la volaille et de préciser la qualité (direct, indirect) et la fréquence des contacts.
PHASE 3
Identifier le rôle des espèces sauvages commensales dans l’épidémiologie des VIAHP et d’autres agents pathogènes
Une étude de capture-marquage-recapture des espèces d’intérêt identifiées lors des phases 1 et 2 associée à un suivi longitudinal de prévalence et séroprévalence des VIAHP et des agents d’intérêts identifiés lors de la phase 1 permettront d’identifier les rôles épidémiologiques des espèces commensales : hôte de maintenance, hôte relais.
